История организации началась в 2001 году, когда в Санкт-Петербурге был зарегистрирован Благотворительный Фонд «Помощь бездомным собакам» (в 2009 г. была проведена перерегистрация). В ведении Фонда находился приют в Приморском районе. В 2019 году приют переехал на новую площадку в Невском районе. В 2007 году Благотворительный Фонд "Помощь бездомным собакам" был принят в члены Королевского общества защиты животных Великобритании WSPA.  В 2008 году зарегистрирована Автономная некоммерческая организация "Помощь бездомным собакам". В ведение АНО передан приют на Большом Смоленском пр., д. 9.